En los primeros años de vida democrática recuperada, Juan Pablo Terra conduce varias investigaciones sobre la infancia en el Uruguay. En 1986 culmina y publica junto con la Ec. Mabel Hopenhaym un trabajo sobre las consecuencias sociales, en particular en la infancia, de las circunstancias y las políticas realizadas en Uruguay durante la dictadura: “La infancia en el Uruguay (1973-1984).
Efectos sociales de la recesión y las políticas de ajuste”. En 1989 culmina una investigación de campo realizada por un equipo multidisciplinario bajo su dirección sobre los niños en situación de pobreza en Uruguay: “Los niños pobres en el Uruguay actual: condiciones de vida, desnutrición y retraso psicomotor”. Esta última investigación pone en práctica metodologías innovadoras para evaluar por muestreo las condiciones de vida, la desnutrición y los retrasos psicomotores de los niños pertenecientes a hogares pobres del Uruguay. Ambas investigaciones le fueron encargadas por UNICEF y se realizaron en el ámbito del CLAEH. También en 1989, escribe un trabajo por encargo del Ministerio de Trabajo y Seguridad Social titulado “Infancia y políticas públicas” en el que actualiza su análisis sobre la infancia y formula propuestas específicas de políticas sociales en la materia.